רשות הניקוז הינה גוף סטטוטורי עצמאי, הפועל מתוקף חוק הניקוז וההגנה מפני שיטפונות התשי”ח 1957. עד שנת 1996 פעלו 26 רשויות ניקוז בכיסוי של 40% משטח המדינה. בשנת 96’ בוצע ארגון מחדש של רשויות הניקוז, והחל מ- 1.1.1997 פועלות 11 רשויות ניקוז בפריסה ארצית מלאה.
לרשות הניקוז הואצלו הסמכויות הבאות מתוקף חוק המים (נציב המים) וחוק רשויות הנחלים (המשרד להגנת הסביבה):
א. סמכויות בתחום שמירה על איכות המים והוצאת מזהמים מנחלים.
ב. סמכויות בתחום “שמירת מתנות טבע” ופיתוח סביבת הנחל.

תפקידי רשות הניקוז
- ניהול, שליטה, בקרה ופיקוח על כלל מערכות הניקוז באגן ההיקוות כולו.
- שיקום והסדרת נחלים ארציים / אזוריים והגנה על נפש ורכוש מפני מפגעי שיטפונות.
- פעילות לתחזוקת מערכת הניקוז האגנית.
- שיקום, חידוש ופיתוח מפעלי מים לתפיסת מי נגר לשימוש חוזר.
- פעילות לשימור וטיוב קרקע למניעת סחף משטחים חקלאים.
- הסדרת תיעול וניקוז להגנה על ישובים, אזורי תעשיה ותשתיות.
- פיקוח וטיפול להוצאת ומניעת מזהמים מהנחלים וממקווי המים
- שיקום, שחזור, פיתוח ושימור אתרים ייחודיים באגני הנחלים ולאורכם.
- הכנת תכניות ארוכות טווח רב-תחומיות לשיקום, פיתוח וטיפוח מערכת הניקוז בסביבת הנחלים
תחום השיפוט
רשות הניקוז "שקמה-בשור" הוקמה בשנת 1997 לאחר הרפורמה ברשויות הניקוז וכהמשך לרשות הניקוז “בשור” אשר פעלה משנות ה-60.
בתחום אחריות רשות הניקוז 26 רשויות מוניציפאליות, מהן 8 ערים, 8 מועצות אזוריות, 9 מועצות מקומיות ומועצה תעשייתית- נאות חובב. מס' בתי האב בשטח רשות הניקוז כ- 106,000 בשטח של כ- 6,000,000 דונם.

הרשויות
ערים: אופקים, אשקלון, באר שבע, דימונה, רהט, שדרות, נתיבות
מ. מקומיות: חורה, ירוחם, כסיפה, להבים, לקיה, מיתר, עומר, ערערה בנגב, רמת חובב, שגב שלום, תל שבע
מ. אזוריות: אשכול, בני שמעון, חוף אשקלון, לכיש, מרחבים, נאות חובב, שער הנגב, שדות נגב
הנחלים העיקריים בתחום רשות הניקוז:
- נחל הבשור
- נחל חברון
- נחל באר-שבע
- נחל גרר
- נחל שקמה
- נחל אבטח
- נחל חנון
- נחל ניצנה
רשות ניקוז שקמה בשור הציבה לה מספר יעדים מרכזיים:
- למנוע נזקים מפני שיטפונות והצפות בנחלי הנגב.
- הסדרה וביצוע פעולות תחזוקה בנחלים על מנת לאפשר זרימה חופשית.
- לשקם ולהסדיר את המחצבות ואתרי הכרייה בנחלים.
- להעלות את נושא הנחלים לסדר היום הציבורי ולתודעת הציבור.
- לקחת חלק פעיל במוסדות התכנון במטרה לשמור על הנחלים ולמנוע חסימה, והסטה של נחלים.
- לתכנן ולפתח פארקים וטיילות לאורך ערוצי נחלים.
- לרכז את כל הסמכויות שקשורות לנחלים בגוף אחד, כגון: רשות נחל ורשות לשימור קרקע.